Curso Prático de Introdução à Bioinformática

O que nossos alunos dizem

O curso atendeu minhas expectativas. É claro e prático, e além disso, possui uma abordagem abrangente. Permite ao aluno ter uma visão mais ampla de assuntos como alinhamento, filogenia, e outros que são cada vez mais imprescindíveis na pesquisa. A estrutura e o professor são excelentes, com conhecimento e didática.
O curso foi de extrema importância para a ampliação dos conceitos e proporcionou uma melhor visão de oportunidades de aplicação na pesquisa.

Samira Salim Mello Gallo

Samira Salim Mello Gallo - Campos dos Goytacazes - RJ

Muito satisfeito, curso atende as expectativas.
Irá me auxiliar no diagnóstico de agentes patogênicos.

Hermes R. Luz

Hermes R. Luz - São Luís - MA

Todos os cursos, incluindo o de Bioinformática corresponderam as nossas expectativas.

Francisco Carlos Rodrigues de Oliveira

Francisco Carlos Rodrigues de Oliveira - Campos dos Goytacazes - RJ

Para quem é este curso?

Profissionais e estudantes de cursos das áreas da saúde, ciências biológicas e ciências agrárias, incluindo: Agrônomos, Biólogos, Biomédicos, Bioquímicos, Enfermeiros, Farmacêuticos, Médicos, Médicos Veterinários e Zootecnistas e demais profissionais interessados em iniciar os conhecimentos na aplicação da bioinformática nas análises genéticas e na biologia molecular.

É desejável que o aluno tenha conhecimento sobre estrutura e replicação de DNA.

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Programação

  1. Uma Breve Introdução ao Linux
  2. Conhecendo os Princípios das Tecnologias de Sequenciamento de DNA
  3. As Bases da Bioinformática
  4. Controle de Qualidade de sequências de DNA
  5. Montagem de Sequências de DNA (amplicons x genomas)
  6. Análise de amplicons
  7. Filogenia Molecular
  8. Predição de Genes em Genomas
  9. Anotação de genomas
  10. Análise comparativa de genomas
  • Programa prático:
  1. Comandos Básicos no Terminal do Linux
  2. Instalação e execução de programas de Bioinformática em Ambiente Linux
  3. Trimagem, remoção de adaptadores e controle de qualidade de sequências de DNA
  4. Montagem de sequências de DNA oriundas de fragmentos amplificados por PCR (amplicons) e de sequenciamento de genomas
  5. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) e suas variantes
  6. Alinhamentos Globais de Sequências de DNA
  7. Filogenia Molecular
  8. Predição de Genes
  9. Anotação de Genomas
  10. Análise Comparativa de Genomas

 

  • Carga horária: 16 horas.

 

ATENÇÃO: O certificado será emitido apenas para os alunos que completarem a carga horária integral do curso.

Como funciona o curso

Primeira etapa – Alinhamento de conteúdos 

O curso contará com uma introdução teórica inicial acerca do sistema Linux, Tecnologias de sequenciamento de DNA e Bioinformática. Após isto, os alunos serão apresentados ao ambiente Linux e ao terminal de comandos. Serão apresentados os comandos básicos do terminal do Linux para a navegação dentro da árvore de diretórios pelo terminal, além de comandos básicos para a criação e edição de arquivos no mesmo. Também será realizada uma breve introdução e prática com expressões regulares utilizando o comando grep.

 

Segunda etapa – Instalação e iniciação ao conjunto de dados

Posteriormente iremos instalar programas no Linux de duas maneiras: para softwares presentes no repositório do linux (sudo apt-get install), tanto para softwares que necessitam de compilação (ausentes nos repositórios Linux). Para tal iremos instalar os softwares que serão utilizados nas próximas etapas do curso.

 

Terceira etapa – Iniciação ao conjunto de dados e tratamento

Os alunos então receberão um conjunto de dados e iniciaremos a prática de controle de qualidade de sequências, que englobará avaliação dos dados de sequenciamento de DNA pelo FastQC (Andrews et al., 2010), seguindo com a prática de trimagem e remoção de adaptadores, onde iremos empregar o software Trimmomatic (Bolger et al., 2014) .

 

Quarta etapa – Montagem de sequências

Após esta etapa  iremos realizar a montagem de sequências de DNA oriundas de duas  fontes: amplicons x whole genome sequencing. Para tal iremos adotar dois montadores: SOAPdeNOVO (Xie et al., 2014) e o SPADES (Antipov et al., 2015).

Também conheceremos o site do NCBI e algumas das utilidades deste como o BLAST, e o utilizaremos em uma busca prática por sequências apresentando HSPS (“high-scoring segment  pairs”) no banco de dados.

 

Quinta etapa – Prática de alinhamentos

Após isto será realizada uma prática de alinhamentos globais utilizando os algoritmos Clustalw e o Muscle. Serão comparados os alinhamentos resultantes de cada alinhador.

 

Sexta etapa – Análise filogenética

Seguir-se-á com a análise filogenética utilizando-se o software MEGA7 (Kumar et al., 2017).

 

Sétima etapa – Prática de predição de genes

Na etapa final do curso iremos realizar a prática de predição de genes em genomas utilizando o Prodigal (Hyatt et al., 2010) e o Augustus (Stanke et al., 2006). Serão discutidos os parâmetros de predição a serem aplicados a organismos pertencentes aos diferentes domínios de vida. Os alunos irão aprender como extrair as sequências de proteínas a partir dos dados de predição de genes e então será realizada a anotação básica dos genomas utilizando o Uniprot e a genômica comparativa com o auxílio da ferramenta Orthofinder (Emms & Kelly, 2015).

Importante: fim do curso serão discutidos os resultados obtidos em cada etapa da prática e suas possíveis implicações biológicas.

Ao término dos cursos, é realizada a entrega dos certificados de conclusão com sua respectiva carga horária.

Com toda esta abordagem teórica e prática, os alunos tem a oportunidade de adquirir os conhecimentos necessários para a aprendizagem e rea

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Apresentação

As tecnologias de sequenciamento do DNA transformaram as análises genéticas e a biologia molecular em atividades intensivas de processamento de informações biológicas. Os profissionais que atuam nessas áreas são desafiados a desenvolverem novas habilidades para acessar rapidamente as informações sobre genes, proteínas e genomas que são constantemente atualizadas nos bancos de dados públicos e incorporá-las em suas atividades profissionais.

bioinformática se tornou a principal aliada para vencer os desafios apresentados. As técnicas da bioinformática possibilitam a manipulação, o processamento e a organização de grandes volumes de informações contidas em diferentes tipos de dados biológicos.

Essas técnicas são usadas para identificar padrões nas sequências de DNA e de proteínas que possibilitem a validação de testes clínicos e testes genéticos, a seleção de genitores em programas de melhoramento animal e vegetal, a identificação de alvos para criação de vacinas e o desenvolvimento de novos produtos biotecnológicos.

Com o treinamento teórico-prático em bioinformática, o aluno será iniciado nas principais ferramentas e técnicas utilizadas para analisar dados de sequências biológicas e estará apto a aplicar essas abordagens em suas atividades profissionais. Durante o curso, o aluno será orientado sobre como acessar as informações nos bancos de dados de sequências biológicas e será desafiado a analisar essas sequências.

 

Objetivo

O objetivo do Curso Prático de Introdução à Bioinformática é capacitar e habilitar profissionais para utilizarem as ferramentas da bioinformática para analisar dados de sequências biológicas, incluindo genomas, genes e proteínas.

Neste curso, os alunos executarão práticas supervisionadas com as seguintes metas:

  • Interpretar e analisar a qualidade de dados de sequenciamento do DNA;
  • Criar e editar arquivos contendo sequências de genomas, genes e proteínas;
  • Recuperar sequências biológicas em bancos de dados públicos;
  • Executar pesquisas de similaridade em bancos de dados;
  • Predizer genes
  • Predizer proteínas e suas propriedades bioquímicas;
  • Predizer a função de genes e proteínas;
  • Identificar regiões conservadas entre diferentes genes ou proteínas;
  • Desenhar primers para PCR e predizer suas propriedades;
  • Reconstruir árvores filogenéticas de genes e proteínas.

 

 

Resultados pós curso

Com o conhecimento adquirido no curso você terá oportunidade de aplicar as técnicas no seu TCC, estudo de mestrado ou doutorado, ou em seu laboratório profissional, sem depender de terceiros para a execução dos protocolos.

 

Você terá uma área de domínio complementar que fará toda diferença em contratações.

 

 

Rentabilidade profissional nos serviços realizados

 

Pensando no lado da rentabilidade, os serviços prestados em laboratórios de biologia molecular possuem valor agregado superior quando comparados aos laboratórios de patologia, microbiologia ou análises físico-químicas.

 

Primeiro porque os custos ligados ás matérias-primas são maiores. E segundo, porque os profissionais envolvidos  são, normalmente, bem remunerados pelos serviços prestados. Isto porque os ensaios exigem alta capacitação e comprometimento no momento da execução, para a manutenção da fidelidade da técnica: não dá para ficar repetindo exames de custo elevado!

 

Já pensou o tanto que você pode melhorar seu faturamento investindo em uma técnica cada vez mais aplicada nas ciências da vida?

 

Experiência prática em laboratório comercial

 

Em nosso curso você vai ter a oportunidade de entrar em um laboratório de biologia molecular que realiza ensaios para o desenvolvimento do agronegócio nacional.

 

Atendemos o Brasil inteiro aqui, e temos auxiliado nossos parceiros em processos de exportação, certificação e regularização de produtos.

 

Assim, você irá conhecer as melhores práticas, em um cenário real, onde serviço acontece para todo o Brasil. É isso que torna o nosso curso único e com satisfação garantida.

 

 

Networking

 

Para você clicar no botão de inscrição: Networking.

 

As relações pessoais nunca tiveram tanto impacto nos negócios. É determinante conhecer a pessoa certa para conseguir aquela informação preciosa e avançar estágios de desenvolvimento de carreira.

 

Aqui você terá contato com pessoas de diferentes localidades, especialidades e áreas de atuação, permitindo uma troca de saberes potencializada pela equipe do laboratório LaborGene.

 

Não perca tempo. Garanta já a sua vaga!

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Veja porque o Curso Prático de Introdução à Bioinformática é um sucesso:

  1. A fundamentação teórica apresentada de maneira clara e objetiva aliada com a aplicação prática da técnica durante o curso permitirá aos participantes uma maior fixação da técnica.
  2. Professor qualificado com doutorado na área
  3. Materiais e equipamentos suficientes para todos os alunos
  4. Laboratórios refrigerados
  5. Hospedagem inclusa em um dos melhores hotéis da cidade
  6. Material didático completo e atualizado
  7. Alimentação com café da manhã, almoço e lanche da tarde já incluso no pacote do curso
  8. Cursos realizados e certificados por uma das empresas mais conceituadas da área no país

 

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Professores

Hilberty Lucas Nunes Correia

 

Engenheiro Agrônomo, mestre e candidato a doutor em Microbiologia Agrícola. Possui experiência nas áreas relacionadas à Biologia Molecular e em Genômica, com ênfase no estudo de genomas de fitopatógenos filamentosos. É curioso na área de computação desde 2012 quando iniciou sua formação técnica em Montagem e manutenção de Microcomputadores, redes e em programação básica.

Desde que descobriu a possibilidade de unir os conhecimentos de Informática e Biologia Molecular para a análise de dados biológicos em larga escala tornou-se um entusiasta no ramo de Bionformática e vêm empregando este conhecimento na realização de pesquisa científica.

 

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